您好，严格来说，这个问题本身是有点概念混淆的。
因为首先，社保在我国是一个五位一体的体系，它是社会保险的简称，一般指的是养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险、失业保险的总称。
而新农合也是一个不太规范的说法，因为现在很多城市新农合是一个过去的概念，它和少儿互助金之类的提法都不准确，因为整合后，所以现在准确的说法应该是：城乡居民医疗保险。
因此根据您的提问，应该是想了解医疗保险的两种大形式（即”城镇职工医疗保险“和”城乡居民医疗保险“）之间的区别。如果两种可以自由选择，那么推测您应该目前不是单位在职职工。因为单位在职职工，根据法律规定，是必须强制性为员工购买城镇职工医疗保险的。而您既然有此纠结，说明在城镇职工医疗保险类别里面应该是以”灵活就业人员“身份自己购买。
鉴于目前我国的医疗保险制度无论城职还是城居都是以市级为单位，也就是每个城市之间的政策（比如郑州 和 河南其他市州的规定是有不同的），那么首先您应该做的是去当地医疗保险管理部门了解清楚两者之间关于每年参保金额、待遇等待期、报销比例等等之间的区别，因为每个城市有不同的待遇享受等待期（一般为几个月或者一年），也就是这之后才能享受报销；然后有起伏线（即符合报销政策的金额超过一定额度才能享受报销），不同等级医院之间的报销比例也是不同的。那么再结合自身实际的经济情况、就医情况综合判断哪个适合您。
两者之间比较大的区别有：
1.如果选择灵活就业人员购买医疗保险，一般来说是按照月度缴费。而城镇居民一般是按照年度一次性缴费。一般来说灵活就业人员每个月要缴纳几百，而城乡居民一年缴费是几百；2.灵活就业人员购买一般有待遇等待期而城乡居民是前一年的最后几个月集中缴费，第二年1月1日-12月31日享受；3.灵活就业人员参保如果连续不间断或者累计缴费一定年限，退休年龄后是可以免费享受原待遇继续报销的，而城乡居民是买一年管一年；4.起付线、报销比例、药品的报销范围等均有一定区别。总之每个城市具体的经济水平不同规定和保障都不一样，这些建议您咨询清楚再决定。
